对肾脏的影响维生素D缺乏时，血钙降低，刺激甲状旁腺激素分泌增加，后者使肾小管对钙的重吸收增加，使尿钙排出减少。维生素D缺乏，血磷降低影响中枢神经系统的调节功能，机体的氧化过程受按捺，代谢减慢，酸性代谢产物在体内蕴蓄，可引起慢性酸中毒和酮尿症。

对骨骼的影响维生素D直接或间接地介入骨内进行的所有过程：骨细胞的增生、分化，骨基质的形成、成熟和钙化，骨质的重吸收等；维生素D对骨钙、磷的沉积与开释，对体液酸碱度的调节，对骨的结构和物理性都有直接的影响。

缺乏的危害对钙、磷吸收的影响维生素D的活性代谢物有促进肠黏膜上皮细胞合成钙结合蛋白的作用，维生素D缺乏可导致肠钙吸收率下降。其他原因维生素D的激活取决于肝脏和肾脏，因此肝肾疾病也可直接影响维生素D的正常代谢。

吸收障碍维生素D是一种脂溶性维生素，其吸收完全依靠肠道的脂质吸收能力；此外，维生素D代谢需经肝肠轮回，所以胃肠道疾病、肝病都能引起维生素D缺乏。肠道吸收不良综合征影响维生素D及钙的吸收是营养性佝偻病常见的病因。

钙、磷摄入不足维生素D缺乏不仅与日照、食品维生素D的供应有关，与食品中钙、磷含量也有关。假如食品中钙含量丰硕可以弥补轻度的维生素D不足。在维生素D缺乏的情况下，增加钙、磷供给量并不能防治佝偻病。维生素D缺乏有其外在的原因，也有机体内在的因素。

维生素D摄入不足维生素D既可以来源于食品，又可由皮肤合成，因此维生素D的需要量一直没得到精确估计。在日光照射不足或缺失日光照射的前提下，食品中维生素D成为体内维生素D的主要来源。从不同季节佝偻病病情的发展来看，也能证实日光照射与维生素D缺乏的关系。

日光照射不足自然食品中维生素D的含量普遍都很少，只有少数食物含量有一定量的维生素D。因此对于很多人来讲，日光照射前提下皮肤中产生的维生素D3是体内维生素D的主要来源。日光紫外线照射不足，现在还是世界各地发生维生素D缺乏的主要原因。